Zarządza ochroną przyrody, w tym m.in. obszarami Natura 2000, kontroluje procesy inwestycyjne. Realizuje zadania dotyczące zapobiegania szkodom w środowisku i naprawiania ewentualnych szkód, współpracuje z organami jednostek samorządu terytorialnego w sprawach oceny oddziaływania na środowisko i ochrony przyrody. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska powołuje 16 regionalnych dyrektorów ochrony środowiska wykonujących swoje zadania na obszarach poszczególnych województw.

W pasie morskich wód wewnętrznych państwo ma pełną jurysdykcję zarówno nad wodą, przestrzenią powietrzną, jaki i dnem i podziemiem morskim. Państwo nadbrzeżne reguluje dostęp do swoich wód wewnętrznych obcych statków i okrętów, określa warunki ich przebywania na tych wodach, określa status portów. Może zamknąć wody wewnętrze bez podania powodów. Na morskich wodach wewnętrznych nie obowiązuje prawo nieszkodliwego przepływu.